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Résumé:

L’ensemble du travail de thèse intègre une importante dimension temporelle avec notamment des phases de récoltes de données et des suivis de populations répartis sur plusieurs années. Cette approche temporelle peu envisageable dans un contexte habituel de thèse a été rendue possible grâce à un contexte socio-politique et scientifique favorable en Haute-Savoie et à mon embauche comme chargé d’études à la Fédération Départementale de Pêche qui ont permis de poursuivre la thématique débutée en 1998 dans le cadre de mon DEA.

Le travail de thèse est présenté selon trois volets thématiques différents qui ne correspondent pas cependant à la réalité chronologique. En effet, en pratique, ces trois thématiques n’ont pas débuté de manière synchrone mais se sont mises progressivement en place sur le plan spatial et temporel pour ensuite être menées en parallèle. Aussi, afin de faciliter la compréhension du travail dans sa globalité, il semble nécessaire de préciser le cheminement scientifique qui a abouti à ce travail et de détailler l’historique des différents travaux réalisés.

Le premier volet concernant la description de la diversité génétique des populations naturelles de truite est le résultat d’un rapprochement dès 2000 entre la Fédération de Pêche de Haute-Savoie et le Corps Forestiers Valdôtain en vu de la mise en place d’un projet commun INTERREG III. C’est officiellement en 2003 que le programme intitulé « Identification, sauvegarde et réhabilitation des populations de truites autochtones en Vallée d’Aoste et en Haute-Savoie » a pu débuter. Les deux partenaires transfrontaliers gestionnaires du programme ont été :

• - la Fédération pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique de Haute-Savoie qui a travaillé en étroite concertation et collaboration avec les AAPPMA.
• - la Direction de la Flore, de la Faune, de la Chasse et de la Pêche en Vallée d’Aoste. Les gestionnaires de la pêche italiens ont été représentés par le Consortium régional pour la protection, l’expansion et la pratique de la pêche en vallée d’Aoste

Le financement a été assuré grâce au Programme d’Initiatives Communautaires Européennes INTERREG III A ALCOTRA (Alpes Latines Coopérations Transfrontalières) et par des contreparties nationales de chaque pays dont pour la partie française, le Conseil Général de Haute-Savoie, le Conseil Régional Rhône Alpes, l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée et Corse et l’Etat. La Fédération de Pêche de Haute-Savoie maître d’ouvrage de cette étude sur son territoire a donc développé des partenariats techniques et scientifiques avec l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) à travers la Station d’Hydrobiologie Lacustre (SHL)-UMR CARRTEL de Thonon-les-Bains (A. Champigneulle) et le Laboratoire de génétique des poissons de Jouy-en Josas (R. Guyomard). Ce programme qui s’est officiellement achevé en 2006, a donc permis d’établir des collaborations qui se sont poursuivies par la suite dans le cadre de ce premier volet mais également dans les deux autres thèmatiques abordées.

Le deuxième volet concernant l’étude des contributions respectives du repeuplement et du recrutement naturel est la conséquence des premières études utilisant le fluoromarquage des otolithes initiées au cours des années 1990 à l’INRA par Ricardo Rojas-Beltran. Suite au décés de ce dernier, Alexis Champigneulle a souhaité poursuivre les premières expériences de suivi des individus marqués introduits entre 1994 et 1997 sur le bassin amont du Fier. L’analyse des données de ce premier suivi aux stades juvéniles en place a constitué mon travail de DEA réalisé en 1998. Mon embauche quelques mois après à la Fédération Départementale de Pêche a été l’occasion de poursuivre ce travail par un suivi de la contribution des individus marqués dans les captures des pêcheurs jusqu’en 2000. Les résultats prometteurs de cette première étude ont incité à élargir progressivement l’échelle de travail et à adapter la technique de fluoromarquage pour la rendre utilisable à une plus grande échelle. Ainsi, à partir de 2000, le marquage des individus introduits a été d’abord généralisé sur le bassin hydrographique des Dranses puis sur l’ensemble du département de 2002 à 2004. Ce travail en vraie grandeur à l’échelle totale du département a pu être réalisé grâce au contexte associatif et socioprofessionnel particulier de la Haute-Savoie caractérisé par la présence de seulement quatre AAPPMA gérant des grands bassins hydrographiques et possédant leurs propres personnels et établissements aquacoles.

Le troisième volet concernant l’évaluation des stratégies de gestion et de réhabilitation des populations natives s’inscrit dans une dynamique temporelle initiée par A. Champigneulle à partir du milieu des années 90 suite à la découverte de la population méditerranéenne de la Dranse d’Abondance et à la constitution par l’AAPPMA d’un stock de géniteurs captifs à partir de poissons autochtones. Les premières collaborations engagées entre l’INRA et la Fédération de Pêche sur les deux autres thématiques se sont tout naturellement étendues à cette troisième afin d’apporter des moyens financiers et techniques supplémentaires et permettre ainsi la récolte d’échantillons additionnels et l’analyse globale des données. Cet historique explique le fait que les sites d’études de cette partie soient localisés sur le bassin des Dranses. Pour ces études, une collaboration a par ailleurs été développée avec Carlo Largiadèr, généticien des populations à l’Université de Berne afin de profiter également de ses expériences dans ce domaine. Ainsi, le travail a nécessité d’associer des partenaires aux compétences complémentaires :

• -écologues et halieutes ayant une bonne connaissance du terrain, des caractéristiques éco-biologiques des populations et des problématiques et pratiques de gestion (y compris les repeuplements),
• - généticiens des populations dans le cadre d’un partenariat équilibré, c’est à dire avec des questionnements en aller-retour avec les autres partenaires,
• - gestionnaires des populations et des milieux en forte attente d’éléments opérationnels pour la gestion (aide à la décision),
• - divers utilisateurs des milieux et des ressources aquatiques.